吉森大学作为一所综合性大学开设了超过150个专业，其中绝大部分都已经对课程进行了模块化设置，并且按照博洛尼亚进程转换成分段的学士/硕士学制。受欢迎的专业分别是企业管理学、营养学、各师范专业以及有招生名额限制的医学专业（含兽医学）。
该校专业设置涵盖了传统的自然科学、哲学、法学、经济学、人文科学等领域。尤其是其医学、兽医学、农学以及营养学的水平十分突出，并在该领域提供了德国独一无二的综合学科专业。吉森大学在多年的办学过程中注重不断提高现有专业水平，并积极拓宽可颁发学士和硕士学位的专业方向。
医学系是吉森大学的闪光点。吉森大学培养出了很多着名的医学专家：德国名医格雷戈尔-霍斯特斯（Gregor Horstius）；现代药理学的奠基人路德维希-毕希纳（Ludwig Buechner）；但最着名的还是X射线的发明者，诺贝尔奖获得者威廉-康拉德-伦琴（Wilhelm Conrad R-ntgen）。
吉森大学曾在QS排名的30个专业上，有一个专业进入世界前200强：农林专业，排名世界第101-150名，是德国仅有10所上榜的学校之一；在上交大世界大学学术排名上，吉森大学的医科专业进入了世界前200名，排名世界第151-200位，是德国进入该排名榜单的17所学校之一。
